Жизнь Наото, Обычного ученика самой Обычной школы, была однообразна и совершенно Обычна: Занятия в школе, отдых под городским мостом на прибрежной траве и Обычные домашние дела, такие как помощь отцу и деду. Все это продолжалось изо дня в день, пока однажды он не встретил Харуко. Точнее, пока он не встретил её мотороллер (Модель: Vespa SS 180), которым Харука умудрилась его переехать. После неприятного знакомства с её транспортным средством, следует ещё менее приятное знакомство с гитарой Харуки (Гитара: Rickenbacker 4003). По приходу домой Наото обнаруживает, что новоиспеченная знакомая уже находится у них дома, причём не "как гость", а как домработница, которую нанял его отец (которого, надо заметить, она тоже перед этим умудрилась переехать на своём мотороллере). С этого момента Обычная жизнь Наоты заканчивается, и начинается новая - полная странностей и безумия, приводящего порой к разрушению всего города, но так или иначе - ведущая к одной цели, преследуемой "горничной" Харуко - к "Похитителю планет" - Атомску. Сама суть аниме FLCL - это внутреная борьба между взрослой и детской жизнью, которая выражается в выборе между кислым и сладким снаружи, и борьбой между Харуко и Амарао, пытающегося убедить Наоту бросит Харуко, готовую уничтожить всю планету что бы получить Атомска.